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Il primo progetto di prefattibilità fu elaborato nel dicembre 1988 e nel 1991 veniva formalizzato l’ultimo lay-out operativo della struttura di Avellino. L’ iniziativa veniva presentata nel corso di un convegno scientifico dal titolo “La ricerca innovativa nel settore alimentare in Italia: attualità e prospettive”. Le principali modifiche edilizie successivamente apportate all’ immobile e necessarie per l’adeguamento funzionale dei laboratori sono state realizzate nel 1992-1993. Fu approvato il primo statuto dell’ ISA, e successivamente fu nominato il primo Direttore ed il Consiglio Scientifico, che si insediò nel gennaio 1994. Le risorse economiche per la realizzazione dell’iniziativa rientrarono nell’ambito di un accordo di programma tra il CNR ed il Ministero per gli Interventi Straordinari nel Mezzogiorno per il riequilibrio dell’ incidenza delle attività scientifiche del CNR nel Mezzogiorno. Fu riconosciuta in Avellino una baricentricità rispetto a quattro città: Napoli, Caserta, Benevento e Salerno, sedi di diverse Università e di due parchi Tecnologici.

Con provvedimento ordinamentale n° 15422 del 13.12.1999 il CNR ha costituito presso l’ISA il Reparto di ricerca denominato “Centro Internazionale di Servizi di Spettrometria di Massa (CISESMA)”, disponendo il trasferimento da Napoli ad Avellino di tutte le apparecchiature di spettrometria di massa e di supporto ivi esistenti.
Presso tale Reparto venne dislocata anche la direzione della “Rete di Spettrometria di Massa”, costituita tra varie Università del Mezzogiorno ed il CNR, nell’ambito della realizzazione del progetto FERS-Fondi strutturali 1993-1999.
Successivamente nell’ambito della riorganizzazione della rete scientifica, con il provvedimento ordinamentale del Presidente N.16024 del 15/10/2001, il Consiglio Direttivo del CNR ha deliberato la nascita del nuovo Istituto di Scienze dell’ Alimentazione.